По данным Душко-старшего, к убийству его сына могут быть причастны высокопоставленные чиновники Московской области, с которыми тот якобы отказался участвовать в финансовых аферах.
Отец Евгения Душко направил президенту Владимиру Путину обращение с просьбой вмешаться в расследование этого дела. По словам Анатолия Душко, конфликт между его сыном и областными чиновниками связан с ситуацией вокруг празднования 700-летия Сергия Радонежского, подготовка к которому 
проходила в Подмосковье незадолго до убийства. «Администрация Московской области собиралась разделить крупный заказ на подготовку к празднику между 11 мелкими подрядчиками, — пояснил «Известиям» Анатолий Душко. — Вероятно, это делалось для того, чтобы было проще «пилить» средства. Мой сын твердо решил отдать подряд одной крупной компании во избежании разворовывания денег».
Как уверяет Анатолий Душко, после этого между мэром Сергиева Посада и некоторыми чиновниками из администрации области возник конфликт.
«Последний разговор на эту тему у сына был незадолго до смерти. Ему позвонили из области и в очередной раз принялись настаивать на своих планах, но сын жестко ответил: «Нет, этого не будет». Этим он и подписал себе смертный приговор».
Анатолий Душко просит Владимира Путина сменить нынешнюю следственную бригаду, потому что, по его мнению, сыщики потеряли интерес к этому делу, работают неэффективно и последние месяцы отказываются с ним общаться.
В Администрации Московской области опровергли версию Душко-старшего. «Никакого конфликта у Администрации с мэром Сергиева-Посада вокруг празднования 700-летия Сергия Радонежского не было, это все фантазии Анатолия Душко», — заявили «Известиям» в администрации.
В СК РФ сообщили, что они удивлены заявлениями Душко-старшего. Расследование этого дела не останавливалось ни на минуту и находится под особым контролем руководства, каждая новая версия тщательно отрабатывается и проверяется, заявили следователи. Кроме того, по словам источника в областном правительстве, большая часть чиновников администрации с того момента, как произошло убийство мэра, ушла в отставку вслед за губернатором Борисом Громовым.
Напомним, что 35-летнего главу Сергиева Посада Евгения Душко застрелили 22 августа 2011 года около собственного дома. Главной версией убийства остается служебная деятельность Евгения Душко: чиновник устроил передел городского рынка жилищно-коммунальных услуг, который оценивается в 100 млн рублей. Вскоре после убийства Душко по делу о хищении 33 млн рублей были арестованы руководители лидера рынка городского ЖКХ — управляющей компании «Посадэнерго» — Артур Егиазарян и Сергей Салмин.
